Zastępca dyrektora ds. merytorycznych – Beata Ceynowa
Zastępca dyrektora ds. finansowych – Główny Księgowy  – Iwona Skrzypczyńska

Muzeum zarządzane jest przez Dyrektora, na zasadzie jednoosobowego kierownictwa, którego powołuje i odwołuje Zarząd Województwa Pomorskiego.

Dyrektor zarządza Muzeum przy pomocy zastępcy i głównego księgowego oraz podporządkowanych mu kierowników działów.