Muzeum Archeologiczne w Gdańsku jest wojewódzką samorządową jednostką organizacyjną – samorządową instytucją kultury. Organizatorem jest Samorząd Województwa Pomorskiego.

Muzeum jest wpisane do Rejestru Instytucji Kultury prowadzonego przez Województwo Pomorskie pod numerem RIK woj. pom. 4/99 i posiada osobowość prawną.

Ogólny nadzór nad Muzeum sprawuje Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego a nadzór bezpośredni Zarząd Województwa Pomorskiego.